Можно сказать, что проведение экспериментальных методов химии природных соединений отличаются от классических, это связано с тем, что многие природные вещества чувствительны к незначительному перепаду температуры, известны вещества, имеющие короткое время жизни даже при комнатной температуре. Также вещества могут содержаться в биоматериале в незначительных количествах, иногда это тысячные доли процента и даже меньше. Поэтому необходима переработка больших масс сырья, а выделенные чистые вещества необходимо изучать, используя специальные методики для работы с микроколичествами, трудность представляет и разделение сложных смесей, которые обычно получаются на первом этапе переработки сырья.
Лаборатория химии природных соединений Российского онкологического научного центра (РОНЦ, г. Москва), в частности, занимается поиском и выделением новых противоопухолевых и анти-ВИЧ соединений природного происхождения. Проводится их химическая характеристика, стандартизация, при необходимости модификация и наработка для обеспечения биологических испытаний, подготовка научно-технической документации новых противоопухолевых препаратов, созданных в лаборатории института.
Работы немецкого химика Иоганна Фридриха Вильгельма Адольфа фон Байера в области изучения строения и синтеза индиговых производных (индол и синтез природного красителя синего индиго – цвет классических джинсов) привело его к созданию химии синтетических красителей и к Нобелевской премии 1905 года «за заслуги в развитии органической химии и химической промышленности благодаря его работам по органическим красителям и гидро-ароматическим соединениям».
Наиболее часто с химией природных соединений мы сталкиваемся  по утрам, когда заваривая чай или кофе, в этот каждый становится  “химиком”, занимающиеся процессом экстракции. Наиболее важными составными частями экстракта чая (чайный напиток) являются так называемые дубильные вещества, кофеин и эфирное масло. От этих веществ зависят вкус, цвет, аромат и лечебные свойства чая. Дубильные вещества и катехины придают чаю горьковатый и вяжущий вкус напитка, а эфирное масло служит для тонкого душистого аромата. Бодрящее действие чая обусловлено содержанием в нем кофеина, алкалоиды чая входят в ряд препаратов (эуфиллин, диуретин и другие), применяемых при коронарной недостаточности, гипертонической болезни, бронхиальной астме, стенокардии, отёках сердечного происхождения и др.
Экстракт кофе (кофейный напиток) содержит около 1200 химических компонентов, из которых 800 – ароматические соединения, «отвечающие» за его вкус, в кофе содержание кофеина составляет до 1500 мг/л. Пуриновые алкалоиды (кофеин, теобромин и теофиллин) при систематическом употреблении их на уровне 1000 мг в день вызывают у человека постоянную потребность в них, напоминающую алкогольную зависимость. Поэтому стоит отметить тот факт, что кофе является вторым из наиболее продаваемых товаров в мире после нефти.

В Ростовском государственном университете – кафедра химии природных и высокомолекулярных соединений. Имеется журнал «Химия природных соединений» ( город Ташкент). Можно почитать: Семёнов А.А., Карцев В.Г. Основы химии природных соединений. Т. 1-2. М.: ICSPF, 2009 г.