Анатолий Иванович Кондратенко родился в 1950 году 28 июня в  поселении Порт-Катон Азовского района Ростовской области.

В 1972 году окончил механико-математический факультет Ростовский Государственный Университет и с этого времени работает на кафедре теоретической механики Новочеркасского политехнического института (НПИ или ЮРГТУ), в настоящее время – профессор кафедры.
В 1976-1977 гг. проходил воинскую службу в рядах Советской Армии (ныне бывшего СССР).
В 1981 году окончил аспирантуру при Новочеркасском политехническом институте, в 1982 году получил учёную степень кандидата технических наук.
В 1986 году окончил курсы по изучению иностранных языков (французского) при Московском государственном педагогическом институте и был направлен в Алжир в государстве Северной Африке, где работал преподавателем и руководителем группы контракта советских преподавателей.
В 90-х годах активно участвовал в общественной и политической жизни города Новочеркасска, в восстановлении КПРФ (Коммунистической партии РФ), несколько лет был секретарём первичной вузовской партийной организации.
В марте 2001 года был избран депутатом городской Думы г. Новочеркасска, где 4 года руководил работой постоянной комиссии «По экономической политике, бюджету, налогам и муниципальной собственности», участвовал в разработке и принятии основополагающих нормативных актов, регулирующих экономическую жизнь города.

Один из активистов, восстановивших Коммунистическую партию РФ в Новочеркасске, член ПП “КПРФ”, член Бюро Комитета Ростовского областного отделения КПРФ, награждён орденом “За заслуги перед партией”.

С марта 2001 года депутат городской Думы города Новочеркасск. С 2004 года и по настоящее время является первым секретарём Комитета Новочеркасского городского отделения КПРФ. В декабре 2004 года занял 2-е место в выборах главы администрации города.
С 2004 года – лидер Новочеркасской городской организации КПРФ. В декабре 2004 года участвовал в выборах главы администрации г. Новочеркасска, заняв 2-е место по итогам голосования.
В 2008 году Анатолий Иванович Кондратенко избран депутатом Законодательного Собрания Ростовской области IV созыва по списку КПРФ.
14 марта 2010 года был избран Мэром города Новочеркасска Ростовской области.
27 сентября 2012 года Анатолий Иванович Кондратенко добровольно ушел в отставку.